Hi All,
I just pulled the latest AMBER git tree and I run ./configure -cuda gnu and the following happens
Rosss-MacBook:amber_master rcw$ ./configure -cuda gnu
Checking for updates...
Checking for available patches online. This may take a few seconds...
Available AmberTools 16 patches:
No patches available
Available Amber 16 patches:
No patches available
Downloading an Amber-compatible Python version 2.7 via Miniconda
and installing it. This may take several minutes.
================================================================================
This script will download and install a version of Python compatible
with every component of AmberTools and install all required and optional
prerequisites. The Python distribution is downloaded for your operating
system from Miniconda.
Downloading Python 2.7 Miniconda
Detected Mac OS X operating system. Downloading the Mac installer
Downloading the latest Miniconda distribution
######################################################################## 100.0%
Installing Miniconda Python.
PREFIX=/Users/rcw/Desktop/amber_master/miniconda
installing: _cache-0.0-py27_x0 ...
installing: python-2.7.11-0 ...
installing: conda-env-2.4.5-py27_0 ...
installing: openssl-1.0.2d-0 ...
installing: pycosat-0.6.1-py27_0 ...
installing: pyyaml-3.11-py27_1 ...
installing: readline-6.2-2 ...
installing: requests-2.9.0-py27_0 ...
installing: sqlite-3.8.4.1-1 ...
installing: tk-8.5.18-0 ...
installing: yaml-0.1.6-0 ...
installing: zlib-1.2.8-0 ...
installing: conda-3.19.0-py27_0 ...
installing: pycrypto-2.6.1-py27_0 ...
installing: pip-7.1.2-py27_0 ...
installing: wheel-0.26.0-py27_1 ...
installing: setuptools-18.8.1-py27_0 ...
Python 2.7.11 :: Continuum Analytics, Inc.
creating default environment...
installation finished.
Updating and installing required and optional packages...
Fetching package metadata: ....
Solving package specifications: ........................
Package plan for installation in environment /Users/rcw/Desktop/amber_master/miniconda:
The following packages will be downloaded:
package | build
---------------------------|-----------------
openssl-1.0.2e | 0 3.0 MB
sqlite-3.9.2 | 0 1.2 MB
requests-2.9.1 | py27_0 604 KB
setuptools-19.4 | py27_0 365 KB
pip-8.0.1 | py27_0 1.5 MB
------------------------------------------------------------
Total: 6.7 MB
The following packages will be UPDATED:
openssl: 1.0.2d-0 --> 1.0.2e-0
pip: 7.1.2-py27_0 --> 8.0.1-py27_0
requests: 2.9.0-py27_0 --> 2.9.1-py27_0
setuptools: 18.8.1-py27_0 --> 19.4-py27_0
sqlite: 3.8.4.1-1 --> 3.9.2-0
Fetching packages ...
openssl-1.0.2e 100% |############################################################################################| Time: 0:00:04 769.87 kB/s
sqlite-3.9.2-0 100% |############################################################################################| Time: 0:00:04 273.01 kB/s
requests-2.9.1 100% |############################################################################################| Time: 0:00:03 189.55 kB/s
setuptools-19. 100% |############################################################################################| Time: 0:00:01 312.14 kB/s
pip-8.0.1-py27 100% |############################################################################################| Time: 0:00:06 244.15 kB/s
Extracting packages ...
[ COMPLETE ]|###############################################################################################################| 100%
Unlinking packages ...
[ COMPLETE ]|###############################################################################################################| 100%
Linking packages ...
[ COMPLETE ]|###############################################################################################################| 100%
Fetching package metadata: ....
Solving package specifications: .......................................................
Package plan for installation in environment /Users/rcw/Desktop/amber_master/miniconda:
The following packages will be downloaded:
package | build
---------------------------|-----------------
libpng-1.6.17 | 0 184 KB
freetype-2.5.5 | 0 732 KB
appnope-0.1.0 | py27_0 4 KB
backports_abc-0.4 | py27_0 5 KB
cython-0.23.4 | py27_1 2.2 MB
decorator-4.0.6 | py27_0 11 KB
ipython_genutils-0.1.0 | py27_0 32 KB
jsonschema-2.4.0 | py27_0 51 KB
markupsafe-0.23 | py27_0 22 KB
mistune-0.7.1 | py27_0 173 KB
numpy-1.10.2 | py27_0 3.0 MB
path.py-8.1.2 | py27_1 45 KB
pexpect-3.3 | py27_0 60 KB
ptyprocess-0.5 | py27_0 19 KB
pygments-2.0.2 | py27_0 1.0 MB
pyparsing-2.0.3 | py27_0 63 KB
python.app-1.2 | py27_4 7 KB
pytz-2015.7 | py27_0 174 KB
pyzmq-15.2.0 | py27_0 650 KB
qt-4.8.7 | 1 39.0 MB
simplegeneric-0.8.1 | py27_0 6 KB
sip-4.16.9 | py27_0 234 KB
six-1.10.0 | py27_0 16 KB
ssl_match_hostname-3.4.0.2 | py27_0 6 KB
cycler-0.9.0 | py27_0 6 KB
jinja2-2.8 | py27_0 263 KB
pickleshare-0.5 | py27_0 8 KB
pyqt-4.11.4 | py27_1 4.0 MB
python-dateutil-2.4.2 | py27_0 219 KB
scipy-0.16.1 | np110py27_0 11.8 MB
singledispatch-3.4.0.3 | py27_0 12 KB
traitlets-4.1.0 | py27_0 104 KB
ipython-4.0.3 | py27_0 917 KB
jupyter_core-4.0.6 | py27_0 48 KB
matplotlib-1.5.1 | np110py27_0 5.9 MB
pandas-0.17.1 | np110py27_0 6.3 MB
tornado-4.3 | py27_0 542 KB
jupyter_client-4.1.1 | py27_0 89 KB
nbformat-4.0.1 | py27_0 112 KB
terminado-0.5 | py27_1 17 KB
ipykernel-4.2.2 | py27_0 113 KB
nbconvert-4.1.0 | py27_0 273 KB
notebook-4.1.0 | py27_0 4.4 MB
------------------------------------------------------------
Total: 82.8 MB
The following NEW packages will be INSTALLED:
appnope: 0.1.0-py27_0
backports_abc: 0.4-py27_0
cycler: 0.9.0-py27_0
cython: 0.23.4-py27_1
decorator: 4.0.6-py27_0
freetype: 2.5.5-0
ipykernel: 4.2.2-py27_0
ipython: 4.0.3-py27_0
ipython_genutils: 0.1.0-py27_0
jinja2: 2.8-py27_0
jsonschema: 2.4.0-py27_0
jupyter_client: 4.1.1-py27_0
jupyter_core: 4.0.6-py27_0
libpng: 1.6.17-0
markupsafe: 0.23-py27_0
matplotlib: 1.5.1-np110py27_0
mistune: 0.7.1-py27_0
nbconvert: 4.1.0-py27_0
nbformat: 4.0.1-py27_0
notebook: 4.1.0-py27_0
numpy: 1.10.2-py27_0
pandas: 0.17.1-np110py27_0
path.py: 8.1.2-py27_1
pexpect: 3.3-py27_0
pickleshare: 0.5-py27_0
ptyprocess: 0.5-py27_0
pygments: 2.0.2-py27_0
pyparsing: 2.0.3-py27_0
pyqt: 4.11.4-py27_1
python-dateutil: 2.4.2-py27_0
python.app: 1.2-py27_4
pytz: 2015.7-py27_0
pyzmq: 15.2.0-py27_0
qt: 4.8.7-1
scipy: 0.16.1-np110py27_0
simplegeneric: 0.8.1-py27_0
singledispatch: 3.4.0.3-py27_0
sip: 4.16.9-py27_0
six: 1.10.0-py27_0
ssl_match_hostname: 3.4.0.2-py27_0
terminado: 0.5-py27_1
tornado: 4.3-py27_0
traitlets: 4.1.0-py27_0
Fetching packages ...
libpng-1.6.17- 100% |############################################################################################| Time: 0:00:01 114.11 kB/s
freetype-2.5.5 100% |############################################################################################| Time: 0:00:01 417.08 kB/s
appnope-0.1.0- 100% |############################################################################################| Time: 0:00:00 2.89 MB/s
backports_abc- 100% |############################################################################################| Time: 0:00:00 1.18 MB/s
cython-0.23.4- 100% |############################################################################################| Time: 0:00:08 279.05 kB/s
decorator-4.0. 100% |############################################################################################| Time: 0:00:00 822.65 kB/s
ipython_genuti 100% |############################################################################################| Time: 0:00:00 61.72 kB/s
jsonschema-2.4 100% |############################################################################################| Time: 0:00:00 181.55 kB/s
markupsafe-0.2 100% |############################################################################################| Time: 0:00:00 3.77 MB/s
mistune-0.7.1- 100% |############################################################################################| Time: 0:00:01 159.75 kB/s
numpy-1.10.2-p 100% |############################################################################################| Time: 0:00:15 202.20 kB/s
path.py-8.1.2- 100% |############################################################################################| Time: 0:00:00 65.80 kB/s
pexpect-3.3-py 100% |############################################################################################| Time: 0:00:00 84.27 kB/s
ptyprocess-0.5 100% |############################################################################################| Time: 0:00:00 271.97 kB/s
pygments-2.0.2 100% |############################################################################################| Time: 0:00:02 385.77 kB/s
pyparsing-2.0. 100% |############################################################################################| Time: 0:00:00 109.67 kB/s
python.app-1.2 100% |######################################################################################
etc etc -- I aborted it at this point...
What is going on here? Should we downloading all this stuff and installing it? It seems like this could be a serious security concern for some people and also extremely fragile.
It also polutes the git tree and a make clean / make dist clean does not clear this up.
In my opinion we really really really should not be depending on tons of external libraries and the configure script in AMBER should definitely NOT be connecting to any external sites EXCEPT ambermd.org.
It also should not be doing this for a configure that does not involve an AMBERTools build.
Comments?
All the best
Ross
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|\oss Walker
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| Associate Research Professor |
| San Diego Supercomputer Center |
| Adjunct Associate Professor |
| Dept. of Chemistry and Biochemistry |
| University of California San Diego |
| NVIDIA Fellow |
|
http://www.rosswalker.co.uk |
http://www.wmd-lab.org |
| Tel: +1 858 822 0854 | EMail:- ross.rosswalker.co.uk |
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Note: Electronic Mail is not secure, has no guarantee of delivery, may not be read every day, and should not be used for urgent or sensitive issues.
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AMBER-Developers mailing list
AMBER-Developers.ambermd.org
http://lists.ambermd.org/mailman/listinfo/amber-developers
Received on Thu Jan 28 2016 - 06:00:02 PST
